브라우저

Alter

조용히 나를 배우고, 필요할 때 먼저 돕고, 나를 닮아 가요.

녹화가 아니에요. 단어를 선택하고 ⌘E를 누르거나, 메뉴바의 ✦를 눌러 보세요.

protein-notes.example/alphafold3-diffusion

Protein Notes · Oct 20

AlphaFold 3 읽기: diffusion 모듈은 무엇을 하나

AlphaFold 3는 단백질 하나의 구조를 넘어 단백질·DNA·RNA·작은 분자(리간드)·이온이 함께 붙은 복합체의 구조를 예측한다. 큰 변화는 두 가지다. MSA 처리를 줄인 Pairformer가 중심이 되고, 구조를 만드는 마지막 단계가 diffusion 모듈로 바뀌었다.

diffusion 모듈은 원자 좌표에 잡음을 섞은 상태에서 출발해, 잡음을 조금씩 걷어내며 실제 좌표에 가까워지도록 학습된다. 예측할 때는 무작위 좌표에서 시작해 이 과정을 여러 번 반복해 최종 구조를 얻는다. 아미노산 단위의 틀(frame)과 각도를 다루던 AlphaFold 2의 구조 모듈과 달리, 원자 좌표를 직접 다룬다.

이 방식 덕분에 여러 종류의 분자를 같은 방식으로 다룰 수 있지만, 구조가 정해지지 않은 영역에서 그럴듯해 보이는 가짜 구조를 만드는 문제가 생길 수 있다. 논문은 이를 줄이는 학습 방법도 함께 설명한다.

그냥 읽어 보세요. 잠시 뒤 Alter가 먼저 말을 걸어요. 점선 단어를 선택하고 ⌘E를 눌러도 돼요.

Alter가 푸는 문제

매번 처음부터 설명해요

AI 채팅은 창을 열 때마다 나를 모릅니다. 읽던 글, 하던 일, 내 소속과 관심사를 다시 붙여넣어야 답이 쓸 만해져요.

같은 칸을 계속 다시 써요

세미나 신청, 회원가입, 답장. 이름·이메일·소속은 한 번이면 충분한데 사이트마다 다시 칩니다.

기기를 바꾸면 흐름이 끊겨요

노트북에서 읽던 논문을 폰으로 열면 처음부터예요. 앱과 기기 사이에 나를 기억하는 곳이 없어요.

해법은 더 똑똑한 채팅창이 아니라, 내가 이미 쓰고 있는 앱 위에서 조용히 나를 배우고 필요할 때만 나서는 계층이에요. 부르면 오고(⌘E), 작은 신호가 있을 때만 스스로 말을 걸고, 한 일은 모두 되돌릴 수 있어요.

네 겹으로 동작해요

센서가 보고, 코드 규칙이 걸러내고, 기억이 쌓이고, 모델이 마지막에 말합니다. 모델이 맨 끝에 있다는 점이 중요해요. 지켜야 할 선은 모델이 아니라 앞단의 코드가 지킵니다.

  1. 1

    센서

    화면에서 무엇을 읽고 있는지(선택한 단어, 머문 문단, 열린 양식 칸)만 가져옵니다. 데모는 이 웹 페이지 안의 미니 OS가 센서 역할을 해요. 실제 제품에서는 브라우저 확장과 OS별 접근성 API가 같은 일을 합니다.

  2. 2

    규칙 (코드)

    무엇을 읽고 배우고 채울지의 한계는 프롬프트가 아니라 코드에 있어요. 비밀번호·결제 칸과 은행·결제 사이트는 센서 단계에서 걸러서 모델에는 도달하지 않습니다.

  3. 3

    기억

    쓰는 동안 사실을 쌓습니다. 이름이나 이메일 같은 신원 정보, 관심사, 찾아본 말, 도움을 받아들인 방식. 모든 항목에 출처와 확신도가 붙고, 직접 고치거나 지울 수 있어요.

  4. 4

    모델 (Claude)

    Claude Haiku 5.5가 설명, 3줄 요약, 답장 초안, 하루 질문 답변을 맡아요. 기억에 없는 사실은 지어내지 않도록 제공된 사실만 쓰게 했고, 모를 땐 모른다고 답합니다.

컨텍스트는 이렇게 다뤄요

저장되는 것
신원(이름·이메일·소속), 관심사, 찾아본 말, 물어본 것, 먼저 건넨 도움에 대한 반응. 전부 ✦ 메뉴의 ‘Alter가 아는 것’에서 출처와 함께 보이고, 고치거나 지울 수 있고, 학습을 통째로 끌 수 있어요.
모델에게 가는 것
지금 읽는 글, 질문, 그리고 신원을 뺀 최근 사실 15개 안팎. 이름·이메일은 양식을 채울 때 브라우저 안에서만 쓰고 모델 요청에는 싣지 않아요.
절대 건드리지 않는 것
비밀번호, 결제 칸, 은행 사이트. 읽지도, 배우지도, 채우지도 않아요. 이 사이트에서는 메뉴바의 ✦가 ‘여기서는 멈춤’으로 바뀝니다.
기기 사이에서
노트북이 4자리 코드로 세션을 만들면 폰이 QR로 같은 세션을 열어요. 방금 읽은 글, 오늘의 링, 기억이 2초 간격으로 이어지고, 서버에는 24시간만 남아요.

먼저 돕는 방식

끼어들기가 늘어날수록 쓰기 싫어지니까, Alter는 받아들여진 만큼만 말을 겁니다. 설정은 ‘조용히·보통·적극’ 중에 고를 수 있어요.

글을 읽을 때
한 문단에 3초쯤 머물면 Alter가 뒤에서 요약을 미리 만들어 두고, 화면 아래에 작은 한 줄로만 물어봐요. 열어 보면 ‘요약부터 보여주는 걸 좋아한다’고 배우고, 두 번 넘기면 스스로 조용해져서 ⌘E로 부를 때만 나타납니다.
양식을 만났을 때
표준 칸(이름·이메일·소속)은 알아서 채우고, 채운 값은 보라색으로 표시해 내가 쓴 값과 구분해요. 되돌리기는 한 번이고, 되돌린 뒤에는 칸을 누를 때만 다시 묻거나 이 사이트에서는 그만하라고 할 수 있어요. ‘자동·물어보기·끔’ 중에 고릅니다.
앱을 오갈 때
브라우저에서 읽은 글이 메일에서 답장 초안의 재료가 돼요. 근거로 쓴 기억이 초안 아래에 함께 보여서, 초안이 어디서 왔는지 확인할 수 있어요.
하루를 물어볼 때
‘나 이제 뭘 해야 돼?’에는 오늘의 링과 진행중인 일, 일정에서 다음 한 가지를 골라 말해요. 목소리로 물어도 됩니다.

민감한 정보는 보관함에

데모 동작

지금 데모에서

  • 브라우저 안에서만 AES-GCM으로 암호화하고, 열쇠는 암호에서 PBKDF2로 만들어요. 서버와 모델로는 아무것도 보내지 않아요.
  • 채우기는 항상 직접 눌러야 하고, 보고 채운 기록이 항목마다 남아요. Alter는 보관함을 스스로 열지 않아요.
  • 데모에는 가짜 값만 들어 있어요(데모 암호 alter). 실제 정보는 넣지 마세요.
다음 단계

제품에서는

제품에서는 OS 키체인(macOS Keychain, Android Keystore)과 패스키로 열쇠를 옮기고, 신원 확인 뒤에만 열리게 합니다. 이 부분은 이번 제출에 없어요.

지금 되는 것, 다음에 할 것

오늘 만든 데모에 들어 있는 것과 설계만 한 것을 나눠서 적었어요. ‘다음 단계’에 있는 것은 이번 제출에 들어 있지 않습니다.

  • 읽는 중 설명·3줄 요약·질문Claude Haiku 5.5, 선택한 글과 신원을 뺀 기억만 사용데모 동작
  • 양식 자동 채움 + 되돌리기코드 규칙으로 칸을 판별하고, 비밀번호·결제는 제외데모 동작
  • 메일 답장 초안방금 읽은 글과 기억으로 작성하고 근거를 함께 표시데모 동작
  • 하루 링·대시보드·질문오늘 할 일의 개수를 채우는 링, 진행중인 일, 하루 질문데모 동작
  • 폰으로 이어받기4자리 코드와 QR, 24시간 보관데모 동작
  • 암호화 보관함 (가짜 값)브라우저 안에서만 암호화, 채우기는 직접 탭데모 동작
  • 말로 정하는 하루 가이드관심사별 목표를 말하면 세 조각으로 요약해 기억데모 동작
  • 브라우저 확장 센서실제 웹 페이지의 선택·양식을 읽는 Chrome·Safari 확장다음 단계
  • macOS 메뉴바 앱접근성 API로 앱 전반의 화면 맥락을 읽는 센서다음 단계
  • 기기 내 모델 단계간단한 판단은 기기에서, 어려운 것만 Claude로. 이번 제출에는 쓰지 않아요다음 단계
  • 여러 에이전트로 나눠 일하기읽기·양식·일정 담당을 나누고 큰 Claude가 조율. 데모에는 없고, 지금은 하나의 두뇌가 모든 걸 처리해요다음 단계
  • 키체인 기반 보관함OS 키체인과 패스키로 열쇠 보관, 신원 확인 후 열림다음 단계

다음 7일

  1. 1~2일

    Chrome 확장으로 센서를 실제 웹으로 옮겨요. 지금의 규칙(비밀번호·결제 제외)을 그대로 쓰고, 첫 사용자 5명에게 자동 채움과 요약만 시켜 봅니다.

  2. 3~4일

    macOS 메뉴바 앱. 접근성 권한 하나로 브라우저 밖(메일, 문서)까지 읽고, 같은 기억을 공유해요.

  3. 5~7일

    기기 내 모델 단계와 키체인 보관함. 쉬운 판단은 기기에서 끝내서 지연과 비용을 줄이고, 어려운 것만 Claude로 올립니다.

각 플랫폼이 공식으로 허용하는 API로만 붙여요. 이번 제출에서 AI는 Claude만 사용했습니다.